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第一，关于所得税纳税单位问题。商业部文中规定：“供销合作社实现的利润，可以由理事会的财会部门集中缴纳所得税，也可以由所属企业单位自行缴纳所得税。还可以采用分别计税集中缴纳的办法纳税。采用哪种形式，由各地根据具体情况与同级税务部门商定”。我们认为，纳税人以及采用什么方式缴纳所得税是一个原则问题。《中华人民共和国集体企业所得税暂行条例》明确规定，要以独立核算的集体企业为所得税的纳税义务人。
因此，对供销社的纳税单位问题，应按税法规定执行，不应按行业或系统集中纳税。
第二，关于各级理事会有权在所属企业之间进行资金调剂，或集中一部分简易建筑资金等专用基金统筹安排的问题。我们认为现行简易建筑费是在规定范围、标准之内按实列支的。有简易建筑就列费用，没有就不列。
因此，对供销社提取上交的简易建筑费在计征所得税时应予以剔除。
第三，关于供销合作社的自有资金问题。商业部在文中规定：“供销社合作社的自有资金，包括社员股金、社员社股金、公积金和各项专用基金，都是社会主义集体所有制企业的财产，归供销社集体所有”。我们认为，供销社的自有资金，主要是通过国家投资积累起来的，也有供销社多年的盈余积累。对此，国务院领导同志曾批示：这笔资金“暂不确定性质，由供销社使用，不准挪用，不准抽调。”商业部规定将这笔资金划归供销社集体所有，是不妥的，应予纠正。同时，上述资金如“拨给所属企业单位使用，并收取资金占用费”的，其支付的资金占用费不得在税前列支。
第四，商业部文中第一条关于“‘保息分红’……一般按照银行一年定期存款利率计息，在费用项下支付利息”的问题。对社员社收到入股利息收入，应列入企业其他收入，征收集体企业所得税。