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为了加强对增值税专用发票的使用管理，依法严厉打击利用增值税专用发票及其他计税、扣税凭证进行偷税、骗税等违法犯罪活动，确保增值税新税制的顺利实施，必须加强稽核检查工作，并且坚持手工稽查与现代化手段稽查同时并举，近期以手工稽查为主的做法。为了规范手工稽查工作，国家税务总局拟定了《增值税专用发票及其他计税、扣税凭证稽核检查办法（试行）》，现印发，请组织贯彻落实，并将执行中发现的问题及时反馈给国家税务总局。
增值税专用发票及其他计税、扣税凭证稽核检查办法（试行）
第一条 为了加强对增值税专用发票（以下简称专用发票）的使用管理，依法严厉打击利用专用发票及其他扣税凭证进行偷税、骗税等违法犯罪活动，确保增值税新税制的顺利实施，根据《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国增值税暂行条例》、《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》等法律、法规制定本办法。
关联法规：全国人大法律（1）条 国务院行政法规（1）条 国务院部委规章（1）条
第二条 本办法适用于人工稽核检查增值税专用发票及其他扣税凭证。
第三条 检查内容
一、进项凭证的检查
（一）进项凭证的检查范围
进项凭证是指纳税人取得的，并于当期向税务机关申报，已作税款抵扣的下列凭证：
１．从销售方取得的专用发票抵扣联（包括汇总填开专用发票所附的“销售清单”）；
２．由海关开具的增值税完税凭证；
３．运费普通发票；
４．农产品及废旧物品收购凭证；
５．国家税务总局规定的其他凭证。
（二）进项凭证检查要点
１．检查进项凭证的真伪；
２．检查进项凭证内容是否属实；
３．进项凭证是否符合增值税准予抵扣税款的范围；
４．专用发票票面内容填写是否正确，适用税率（税务所代开所列的征收率）是否符合政策规定，税额计算是否正确；
５．项目是否填列齐全，其中纳税人税务登记号是否为全国统一的１５位码；
６．对准予计算扣税的进项凭证，其进项税额的计算是否正确。
二、销项凭证的检查
（一）销项凭证检查的范围
１．纳税人已使用的专用发票，即存根联和记帐联（包括开具的红字专用发票）；
２．税务所代小规模纳税人开具的专用发票存根联和记帐联；
３．纳税人销售货物和劳务开具的普通发票；
４．国家税务总局确定的其他销项凭证。
（二）销项凭证检查要点
１．纳税人已开具专用发票的销售业务是否真实，有无属虚开代开行为；
２．纳税人销售货物或应税劳务，其计税销售额是否包括了全部价款和价外费用；
３．票面所列税率或征收率是否符合政策规定，税额计算是否正确无误；
４．纳税人已开具专用发票的销售业务、开具普通发票的销售业务和为开具发票的销售收入是否全部作了销售处理，并如实按期向税务机关进行了申报；
５．票面所列“货物或劳务名称”与实际是否相符；
６．开具的红字专用发票是否附有购货方税务机关开具的“进货退出及索取拆让证明单”；
７、纳税人销售免税货物，是否有违反规定开具专用发票的现象；
第四条 检查方法
一、进项凭证检查方法
（一）进项凭证与相关付款凭证或帐簿对照核实。
（二）进项凭证与相关的进货核实。
（三）发现异常的进项凭证或涉嫌与对方销项凭证不符的，可采取传真机传递方式，委托销货方所在地税务机关配合查实。
委托异地税务机关协查时应按照以下规定办理：
１．必须使用国家税务总局统一制定的《增值税专用发票核查单》。
２．传递的资料内容必须齐全、字迹要清晰、工整。
３．必须经过主管税务机关领导批准方可发出。
４．委托异地协查，只能在同级税务机关之间相互进行。各地的传真机号码及通讯地址国家税务总局将统一编制下发。
受托的异地税务机关接到《增值税专用发票核查单》后要认真配合，组织力量深入查证生产经营、资金、货物的运转情况，根据核查结果填写《增值税专用发票核查单》的回执联经主管领导签字并加盖公章后，寄回委托方税务机关。受托方税务机关敷衍塞责，提供虚假情况的，一经查出，依法追究责任。
二、销项凭证的检查方法
（一）对纳税人购、用、存专用发票的情况进行核实，查阅购票证，清点结存票，与申报情况对照，查实专用发票的已用份数。
（二）将查实已用的专用发票所列款项与相关销售帐簿进行对照核实。
（三）将查实已用的专用发票所列税额与“应交税金”有关销项税金明细帐户对照核实。
（四）税务所代小规模企业开具的专用发票其存根联与记帐联应与有关增值税完税凭证对照核实，并由上一级主管税务机关组织检查。
第五条 专用发票的检查工作应按月进行，除国家税务总局另有要求外，每月检查户数不得低于增值税一般纳税人总户数的百分之五。有条件的地区尽力扩大稽核的覆盖面，以提高纳税人依法纳税的自觉程度。
第六条 稽核的对象要有计划、有选择地确定。即每月在稽核工作进行之前，应根据本地的实际情况制定出选户计划，其计划的确定，各地可参照一定时期纳税人申报的有关资料，结合行业的特点，逐步建立分行业的“销售／购入”正常比率及分行业的销售额（营业额）正常增长比率，凡偏离上述正常比率而又无正当理由的，应选作重点稽核的对象。
第七条 对专用发票稽核出的问题，属于销项税额的部分，稽核人员应逐笔填写《增值税专用发票（销项凭证）稽核检查记录》并取得纳税人签章后，提出处理意见，经税务机关主管领导的批准，即可向纳税人下达处理决定通知。
进项税额部分，凡属于专用发票抵扣联的，稽核人员应逐笔填写《增值税专用发票（进项凭证）稽核检查记录》；凡属于其他扣税凭证的，稽核人员应逐笔填写《增值税其他扣税凭证稽核检查记录》。对需要销售方所在地税务机关协查的，应逐联作出请求查证的标记，经主管税务机关领导的批准，按照第四条有关规定办理交叉稽核传递手续，待查证结果回复后，再行处理。
第八条 对检查出来的各种问题，各级税务机关要严格按照《中华人民共和国发票管理办法》及《增值税专用发票使用规定》的有关规定予以处理，对弄虚作假、利用专用发票骗取出口退税以及扣税、偷逃税款的，要按照《中华人民共和国税收征收管理法》和全国人大常委会《关于惩治偷税抗税犯罪的补充规定》严格处理，对伪造、倒卖、盗窃发票等构成犯罪或构成违反治安管理条例行为的，应移送公、检、法机关依法处理。
关联法规：全国人大法律（1）条 国务院部委规章（1）条
第九条 税务机关和税务人员必须依法行使稽核检查职权。执行稽核检查业务时，必须编组进行，每组不得少于２人。
第十条 各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局要按季将稽核检查工作的进展、检查出的问题及处理情况，填制《增值税专用发票及其他计税、扣税凭证稽核检查情况统计表》，并于季度末２０日前向国家税务总局报送。属于典型案例的资料应随时上报。省以下国家税务机关的报送资料及期限，由各省、市、自治区国家税务局自行确定。
第十一条 增值税专用发票稽核检查由主管税务机关组织实施，上级税务机关组织考核。主管税务机关应将稽核计划具体落实到人，并纳入岗位责任制的考核范围。对工作认真负责，成绩显著的稽核人员应给予表彰和奖励。
第十二条 本办法自１９９５年１月１日起试行。各地可结合本地实际情况制定具体实施办法。