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2000年1月，我局下发了《关于进一步加强排污收费管理严格执行收支两条线规定的紧急通知》(环发(2000)11号)，要求对1998年以来排污费的征收、管理、使用情况进行一次财务自查，对不及时将排污费解缴入库、私设小金库、挪用、乱支排污费的，认真查实，严肃处理并将自查结果请于2000年3月31日前报我局。
最近，国家审计署组织地方审计机关对国家重点考核的46个重点城市的排污费征收、使用情况进行了审计。从审计情况看，突出的问题，一是部分城市排污收费工作中弄虚作假的问题比较严重，只征收应征排污费的20％部分，采取虚收虚返、垫资倒流、边收边返等手法，虚增排污费收入。二是有的地方环境监理机构将排污费划入非金融机构，并被挪用于兑付到期存款。三是有的市滞留环保补助资金数额较大，影响了资金使用效益的发挥。四是排污费征收、管理、使用方面也查出不少具体问题，如征收中存在欠征、欠缴排污费、协商收费、以物抵费，使用中存在挤占、挪用环保补助资金、贷款基金偿还率低等问题。有些问题已经通过审计渠道反馈到国家审计署。
为及时掌握情况，避免工作被动，保证排污收费审计的顺利完成和排污收费工作的健康发展，现就有关事项通知如下：
一、各级环保部门要高度重视排污收费审计工作，按照《关于做好排污费审计工作的紧急通知》(环办(2000)30号)的要求，对于审计发现的问题及时纠正，积极配合审计机关做好排污费审计工作。
二、请各省、自治区、直辖市环保局将自查和这次审计查出的问题及其处理情况、查出违纪资金的情况于2000年9月25日前报我局。对于隐瞒不报的，造成工作被动的，要追究环保部门的责任。