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根据国务院办公厅国办发（１９９４）４９号文件审定印发的卫生部“三定”方案，卫生部行政编制为４０４人。
经党组会研究决定，部机关行政编制分配如下：部领导６人，办公厅５９人，政策法规司１８人，人事司２８人，计划财务司３０人，医政司２８人，疾病控制司２９人，地方病防治办公室１８人，卫生监督司２８人，科技教育司３９人，妇幼卫生司１９人，药政管理局３０人，国际合作司２６人，保健局１４人，全国爱国卫生运动委员会办公室２１人，机关党委１１人，共计４０４人。
办公厅内设：办公室、秘书处、档案处、信访处、财务处、行政处、房管处、保卫处。
政策法规司内设：综合处、政策研究处、法规处、新闻出版处。
人事司内设：综合处、党政干部处、公务员管理处、专业人才管理处、劳动工资处。
计划财务司内设：综合处、计划处、直属财务处、基建处、装备管理处、国有资产管理处。
医政司内设：综合处、医疗管理处、基层卫生处（卫生部初级卫生保健办公室）、特殊人群医疗康复处、护理处。
疾病控制司内设：综合计划处、计划免疫处、非传染性疾病控制处、防疫一处、防疫二处、防疫三处。
地方病防治办公室内设：综合处、地方病一处、地方病二处。
卫生监督司内设：综合处、传染病法规监督处、食品卫生监督处、劳动与放射卫生监督处、执法监督管理处。
科技教育司内设：综合处、卫生标准管理办公室、科技计划处、科技成果处、科技交流处、高等教育处（卫生部学位办公室）、中等教育处、成人教育处。
妇幼卫生司内设：综合处、妇女卫生处、儿童卫生处、规划管理处。
药政管理局内设：综合监督管理处、标准注册管理处、特殊药品管理处、中药管理处、生物制品管理处、医用器材管理处。
国际合作司内设：综合处、国际处、双边关系处、卫生部港澳台办公室。
保健局内设：办公室、医疗处、保健处。
全国爱国卫生运动委员会办公室内设：综合协调处、监督检查处、农村改水与环境卫生指导处、健康教育处。
机关党委内设：办公室（含共青团、工会）、组织部、宣传部、纪委。
另外，驻部纪检组、监察局行政编制１４名，内设：纪检监察综合室、纪检监察一室、纪检监察二室。
审计署驻部审计局行政编制１０名，内设：审计一处、审计二处。
离退休干部局单列行政编制２３名，内设：办公室、综合指导处、生活管理处。