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第一条 为加强品种资源保护费资金的管理，进一步提高资金使用效益，根据《水生野生动物保护实施条例》、《植物新品种保护项目管理暂行办法》、《渔业资源增殖保护费征收使用办法》、《中央本级项目支出预算管理办法》（财预〔2007〕38号）及其他相关规定，制定本办法。
第二条 本办法所称品种资源保护费，是指用于改善水生生物资源生态环境，养护和恢复生物多样性，维护渔业生态平衡，激励植物育种创新的财政专项资金，包括水生野生动物资源保护费、植物新品种保护费和渔业资源增殖保护费等。
第三条 农业部财务司负责制定品种资源保护费的管理制度，组织编制并审核预、决算，对预算执行履行监管职责，并根据需要组织实施专项检查。
第四条 农业部渔业局、种子管理局、黄渤海区渔政局、南海区渔政局、东海区渔政局等项目承担单位负责项目的预算编制、申报和执行，开展会计核算、资金支付、政府采购等业务，接受农业部财务司及有关部门对预算执行的监督检查。
第五条 项目承担单位应按照农业部财务司关于编报年度部门预算的要求，根据开展品种资源保护业务的合理需要，编制和申报品种资源保护费预算。
第六条 项目承担单位所承担的项目原则上应由本单位实施，部分业务确需相关单位协作实施的，项目承担单位要与协作实施单位签订任务合同书，明确任务内容、经费预算、时间进度、人员分工等。项目协作实施单位为部属预算单位的，项目承担单位（仅限部机关司局）要采取细化预算方式将资金细化给协作实施单位，协作实施单位根据承担单位的任务内容及“一下”预算控制数编制“二上”预算。
第七条 品种资源保护费严格按照预算批复，用于与品种资源保护相关的各项费用，包括水生野生动物资源保护、植物新品种保护、渔业资源增殖保护等：
（一）水生野生动物资源保护。主要用于水生野生动物保护法律、法规的宣传、水生野生动物的增殖放流，以及水生野生动物资源的监测、驯养繁殖、科学研究、救护放生、保护执法等方面工作。
（二）植物新品种保护。主要用于申请品种权的新品种国际联机检索，品种权申请受理、审查、测试，田间现场考察，实验室分析，标准样品繁殖、保藏，测试技术标准的制订和研制，以及技术支撑体系建设；新品种授权、公告、复审、行政执法、宣传培训；种业知识产权分析预警，政策研究；植物新品种保护法规规章制定和修订，履约、国际交流及其他植物新品种保护所必须的开支。
（三）渔业资源增殖保护。主要用于购买增殖放流用的苗种和培育苗种所需的配套设施；修建近海和内陆水域人工鱼礁、鱼巢等增殖设施，为保护特定的渔业资源品种，借给渔民用于转业或者转产的生产周转金（不得作为生活补助的流动资金），为增殖渔业资源提供科学研究经费补助，为改善渔业资源增殖保护管理手段和监测渔业资源提供经费补助及其他渔业资源增殖保护所必须的开支。
第八条 项目承担单位、项目协作实施单位应当严格按照本办法规定的经费开支范围办理支出，不得用于编制内职工的基本支出费用、大型修缮购置费用、基本建设费用以及其他与品种资源保护无关的支出。要严格执行国家有关财政法规，建立项目资金明细账，确保专款专用，科学、合理、有效地使用项目资金。
第九条 项目承担单位应按照部门决算编报要求，编制报送品种资源保护费的决算。
第十条 品种资源保护费的资金支付业务按照国库集中支付管理的有关规定执行。经费使用中涉及政府采购的，严格按照政府采购相关规定执行。
第十一条 项目承担单位应定期组织项目自查，农业部财务司组织开展重点抽查。对检查中发现的套取、挤占、挪用项目资金的行为，按照《财政违法行为处罚处分条例》等有关法律法规给予处罚。
第十二条 本办法由农业部财务司负责解释。
第十三条 本办法自发布之日起施行。