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一、生产企业预申报
生产企业在货物出口并按会计制度的规定在财务上做销售后，按月将“免、抵、退”税明细数据录入申报系统并生成预申报电子数据，在增值税纳税申报之前，到退税部门办理预申报。
生产企业需录入的明细数据有出口货物明细、收齐出口单证明细、免税出口货物明细等；有进料加工业务的企业还需要录入进料加工手册登记、进口料件明细、进料加工手册核销。
当期出口货物未收齐纸质单证的在“出口货物明细”数据录入时设置“单证不齐”标志；对前期出口单证不齐当期全部收齐的应一并申报(B类企业除外)，作为“收齐出口单证明细”数据录入。
二、退税部门预审核
退税部门申报受理岗位的预审人员受理预申报电子数据，必须检测病毒并在审核系统中进行预审核，审核后将审核结果以电子数据的形式反馈给生产企业。
三、生产企业正式申报生产企业根据退税部门反馈的预审结果，调整申报系统内数据，包括调整错误数据，以及将无外部电子信息的数据在“出口货物明细”数据中设置“信息不齐”标志。
生产企业调整数据后，可利用申报系统的功能汇总计算有关数据填报《增值税纳税申报表》，在增值税纳税申报期内向征税部门办理增值税申报和“免、抵”税申报。有进料加工业务的企业，还可利用系统提供的“模拟出具进料加工免税证明”的功能，测算进料加工有关数据填报《增值税纳税申报表》。
生产企业在增值税纳税申报后，将《增值税纳税申报表》的有关内容录入申报系统。系统以免抵退明细数据和增值税纳税申报数据为基础，自动生成免抵退税汇总数据。在生成免抵退税汇总数据过程中，系统自动检测“出口货物明细”数据中“单证不齐”与“信息不齐”标志，单证及信息都齐全的数据汇总计算免抵退税额，主要包括以下三种情况：⑴当期申报单证及信息都齐全的数据；⑵前期出口单证不齐当期收齐且信息齐全的数据；⑶前期出口单证齐全但信息不齐，本期信息齐全的数据。
免抵退税汇总数据生成后，可生成正式申报电子数据，其中包含免抵退税明细和免抵退税汇总两个方面的正式申报数据。同时，应装订原始凭证、打印申报报表以及在申报表中签字盖章。最后，携上述正式申报电子数据及凭证、报表等资料，在申报期内在退税部门办理免抵退税正式申报。
生产企业正式申报时，应提供下列凭证资料及电子数据：
1、《生产企业出口货物免、抵、退税申报汇总表》(以下简称《免抵退税汇总表》)一式六联(退税部门签章后返企业二联，其中企业留存一联，正月纳税申报时作为《增值税纳税申报表》附件报征税部门一联；资料中装订一联；退税部门留存一联；报上级退税机关二联，其中退税机关留存一联，退税机关送银行退库报送一联)；
2、《生产企业出口货物免、抵、退税申报明细表》(以下简称《出口明细表》)一式五联(退税部门签章后返企业一联；资料中装订一联；退税部门留存一联；报上级退税机关二联，其中退税机关留存一联，退税机关送银行退库报送一联)；
3、经征税部门审核签章的当期《增值税纳税申报表》；
4、有进料加工业务的企业还应提供下列资料：
⑴《生产企业进料加工登记申报表》；
⑵《生产企业进料加工进口料件申报明细表》；
⑶《生产企业进料加工海关登记手册核销申请表》；
⑷《生产企业进料加工贸易免税证明》；
以上报表一式三联，退税部门签章后返企业一联，资料中装订一联，退税部门留存一联。
5、按下列顺序装订成册的报表及原始凭证，其中报表附于原始凭证之前：
⑴《免抵退税汇总表》；
⑵《出口明细表》；
⑶进料加工业务报表；
⑷《增值税纳税申报表》；
⑸按下列顺序分组装订并且按《出口明细表》的序号排列的原始凭证；
①加盖海关验讫章的出口货物报关单(出口退税专用联)；
②经外汇管理部门签章的出口收汇核销单(出口退税专用联)或有关部门出具的中远期收汇证明；
③企业签章的出口发票；
④代理出口货物证明及代理出口货物协议(委托代理出口企业)；当期出口有未收齐单证的，其各项原始凭证都不装订；前期出口单证不齐当期全部收齐的，应单独装订成册报退税部门，并附《出口明细表》(收齐前期单证)。
6、主管退税税务机关要求报送的其他退(免)税申报资料。上述各种申报表及电子数据，可以通过“生产企业出口退税申报系统”产生。
四、退税部门接收申报退税部门申报受理岗位的接单人员受理生产企业正式申报，对电子数据进行病毒检测，对申报资料是否按规定装订、是否完整齐全及电子数据及纸质申报数据逻辑关系是否一致作初步核对。
核对有误的退回企业，调整后再申报；核对无误的给企业出具“退税申报接单登记回执”，并进行数据传递，即将电子数据读入审核系统、纸质申报资料传递给资料审核岗位人工审核人员。
五、退税部门人工审核
资料审核岗位人工审核人员应根据接单人员提交的申报资料，认真核对各原始凭证和报表是否完整、装订是否规范、申报表填列是否齐全。经审核发现不完整的，应及时通知生产企业补交。
审核《免抵退税汇总表》与《出口明细表》中数据的自身逻辑关系是否正确，金额合计数是否一致，《免抵退税汇总表》、《出口明细表》与电子数据是否一致。若不一致，审核人员应将申报资料退回生产企业重新申报。
审核各原始凭证是否符合相关法律、法规、规章，《出口明细表》中的数据是否与原始凭证相符。在审核中发现错误，审核人员应通知企业修改。
审核后，审核人员分别在各申报表中签署意见，留存各申报表一联并将电子数据与其他联次的申报表提交计算机审核岗位。
六、退税部门计算机审核计算机审核岗位审核人员对人工审核人员提交的已通过单证对审的数据，在出口退税计算机审核系统内进行自身逻辑关系检查及外部信息对审处理。
审核时产生的疑点由计算机审核人员负责调整。企业申报错误产生的疑点，退回申报受理岗位，属于本期的错误，由人工审核人员在系统内更正，并修改申报报表；属于前期的错误，用调整法调整。经核实可以人工挑过的疑点，设置人工挑过标志。经核实不应人工挑过的疑点，审核人员在系统内删除申报数据，并通知企业撤消申报资料。疑点调整后应重新进行计算机审核。
计算机审核分为明细数据审核和汇总数据审核两个步骤，并且汇总数据审核以明细数据审核确认为前提。明细数据审核通过后，审核人员直接确认，将数据转入历史库；然后进行汇总数据的审核，汇总数据审核通过后，审核人员应将企业退税资料上报主管局长。
主管局长对本退税部门审核通过的退税资料应做最终的确认工作，确认无误后，应在计算机审核系统内做汇总数据的确认；或主管局长在企业退税资料上签署批准意见，授权审核人员确认汇总数据。汇总数据确认后，审核系统自动生成免抵退税审批数据。
审核人员将审核确认的企业退税资料交档案管理档案管理人员，档案管理人员将《免抵退税汇总表》二联、《出口明细表》一联、进料加工业务报表一联及审核结果的电子数据反馈给企业；将各申报一联按要求装订成册，与企业申报的其他资料一同归档管理。
七、退税部门上报资料退税部门每月终了后25日内，向退税机关综合科报送当月审核通过的企业《出口明细表》二联、《免抵退税汇总表》二联及《生产企业免抵退税资料交接表》(以下简称《交接表》)一式二联。综合科交给人员核对《交接表》内容与报表一致后，在《交接表》上签字，返给退税部门一联，将另一联留存备查。
八、退税机关审核
退税机关主管领导按照计算机审核系统免抵退税审批数据的内容，并核实企业的《免抵退税汇总表》在国家下达的退税指标内审批退税额和免抵税额。
九、退税机关退库退税机关退还人员对审批通过的退税额打印《收入退还书》，连同企业的《出口明细表》、《免抵退税汇总表》各一联，送国库办理退库；对审批通过免抵税额出具《生产企业出口货物免、抵、退税审批通知单》给征税机关，征税机关在当月以正式文件通知同级国库办理调库手续。退还人员应及时将办理退税的情况反馈给退税部门。
十、退税部门统计上报
退税部门每月28日前向退税机关综合科报送《出口退税进度情况月报表》、《生产企业出口货物免、抵、退税统计月报表》、《特殊政策退(免)税统计月报表》、《大中型出口企业(免)税情况统计表》各一份，并报送电子数据。退税机关负责统计分析并上报总局。