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(一)关于日常财政监督和大检查问题。财政监督司(财政部财政税收财务大检查办公室)组织的各项日常监督、大检查和查出问题的处理，各有关司要配合、支持；各司开展的监督检查，在布置前应会签财政监督司，检查情况报告抄财政监督司备案。各司拟订颁布的有关财政、税收、财务、会计的政策、法规、制度及其他与财政监督有关的业务文件和分配周转金、科技三项费用、部管基建拨款等专项资金的文件应抄送财政监督司，其中涉及财政监督及处罚规定的，应事前会签财政监督司。财政监督司按有关规定根据工作需要可调阅各司有关文件、报表、资料，询问有关情况。各司召开有关会议和举办业务培训，应通知财政政监督司参加。
(二)关于财政监察专员办事机构业务领导中的工作关系问题。财政监督司对派驻机构进行统一领导和业务的综合协调工作；各有关司需要部署安排财政监察专员办事机构办理的有关检查监督业务工作，需商得财政监督司同意，并统一往下布置。在具体执行中，各有关司负责该业务工作的指导与考核，并向财政监督司反馈考核情况。
(三)对我部直接进行查处的财会人员遭打击报复的案件，由财政监督司负责办理，会计司配合，有关司参与。