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党的第十三次全国代表大会把发展科学技术放到我国经济发展战略的首要位置。经济、政治体制改革的发展也对科技体制改革提出了新的要求。
当前，科技体制改革必须从社会主义初级阶段的实际出发，适应有计划商品经济的需要，发挥科技优势，以发展生产力为目标，进一步建立科技与经济紧密结合的机制，促进传统产业技术改造和新技术、高技术产业的形成，提高我国科学技术水平，推动经济和社会发展。要在继续贯彻执行已公布的各项改革措施的同时，以积极推行各种形式的承包经营责任制为重点，进一步加快和深化科技体制改革。为此，特作如下决定：
一、鼓励科研机构切实引入竞争机制，积极推行各种形式的承包经营责任制，实行科研机构所有权和经营管理权分离。
实行承包经营责任制，要明确规定科研机构为经济、科技发展所必须达到的承包指标，要使科研机构和科技人员的利益，与对社会和经济发展的贡献挂起钩来。
技术开发为主的科研机构，确定承包指标要有利于提高社会经济效益、科技水平和确保科研后续发展。
要逐步推行在科研机构内部或面向社会公开招标，通过竞争来选择并确定经营管理者。对经营管理不好、效益很差的科研机构，可以转向、被兼并或撤销。
科研机构的承包指标应逐级进行分解，按责、权、利统一的原则，落实到基层。要充分发扬民主，调动广大职工的积极性。综合性大院大所可以划分成若干独立核算单位实行承包。
在实行承包经营责任制过程中，科研机构要统筹兼顾各类任务的安排，搞好收益的合理分配。要抓住实行承包经营责任制这一转机，对职工按在岗不在岗，编内编外等不同情况给予不同的工资、奖励、福利待遇，以解决目前比较普遍存在的人员结构不合理、人浮于事、劳动效率低等问题。
二、鼓励和支持科研机构以多种形式长入经济，发展成新型的科研生产经营实体。科研机构可以和企业互相承包、租赁、参股、兼并，实行联合经营，或进入企业、企业集团，或发展成科研型企业等；可以充分利用中心城市、沿海开放地区、智力密集区的优势，面向国际市场，创办或联办多种所有制形式的分所、公司、企业、企业集团等，积极开发和组织生产新产品、高技术产品，进行引进技术的消化、吸收、创新，促进外向型经济的发展和新技术产业的形成；也可以直接在国外布点，建立各种独资、合资机构。智力密集的大城市，可以积极创造条件试办新技术产业开发区，并制定相应的扶持政策。
位于内地和三线的科研机构、高等院校及大中型企业，应积极为本地区经济振兴服务，有条件的可以本地区为依托，组织和引导科技力量，在沿海开放地区设立窗口，为发展外向型经济搭桥，与沿海地区建立多种形式的联合，互相支持，互相促进，带动本地区科技与经济的发展。
为加强国际科技合作交流，发挥科研机构在发展外向型经济中的作用，要扩大科研机构的外事自主权，简化外事审批手续。自1988年起，科研机构出口创汇以1987年为基数，新增部分在三年内全额留成，用作单位的发展基金，自主使用。科研机构与企业联合创汇，按先分后税的原则处理，科研机构所得，享受上述待遇。
各级金融机构应进一步开辟和疏通科技信贷渠道，增加科技信贷额度。
鼓励、支持各级科技主管部门和金融机构，联合创办旨在促进科研成果转化为商品的科技信贷和创业投资机构。
三、鼓励科研机构和科技人员通过为社会创造财富和对科技进步做出贡献，来改善自身的工作条件和物质待遇。
科研机构奖金税的起征点，一律放宽为人均四个半月基本工资。科研事业费部分自给的科研机构，实行奖励福利基金比例与事业费减拨比例挂钩。科研事业费完全自给的科研机构，在切实保证事业发展的前提下，其纯收入由单位自主分配和使用。为鼓励科研事业费拨款制度改革，对科研事业费部分自给和完全自给的科研机构，要根据自立程度给予不同的奖励，具体办法另行制定。
目前实行科研事业费包干的科研机构，要按不同情况区别对待。具有创收能力的，在保证完成国家任务的前提下，应积极挖潜创收，向科研事业费自给或部分自给的方向过渡。基础研究和社会公益性科研机构，在定编定员的基础上，实行科研事业费和基本工资总额包干，增人不增钱，减人不减钱，节余归单位自主使用；其创收部分除提留一定比例的发展基金外，归单位自主分配。
各类科研机构都要实行全面经济核算。应减拨的科研事业费要在1990年基本减完。
四、为了确保科技和经济长远发展，必须切实保证基础研究持续稳定地发展，国家对基础研究经费的投入要随着财政收入的增长不断增加。
基础研究要面向世界，重点选择有优势、有重要应用前景的领域和项目。在基础研究领域的改革中，要进一步引入竞争机制，继续实行和完善科学基金制，不断探索新的管理方式，择优支持基础研究方面的高水平课题和设施建设，支持优秀人才的研究工作。要加强基础研究、应用研究、开发工作的相互联系和转化，促进人才交流和知识扩散。鼓励科研机构、高等院校和企业之间人员互相兼职，合建共用设施。国家重点实验室要打破部门所有，向国内外开放；要压缩固定编制，采取鼓励措施，招聘客座研究人员。要通过人才的竞争和流动不断精干基础研究队伍，提高研究水平，增强在世界科学前沿的竞争能力。要充分利用国际环境和条件，积极开展国际合作交流，提高我们的研究起点，为我国科技和经济的长远发展储备知识和人才。
五、在行政管理体制改革中，各级政府部门要积极简政放权，使科研机构自主地向开放、联合、竞争的方向发展。要鼓励科研机构跨部门、跨地区、跨行业与生产、科研、设计单位联合；鼓励建立科研与设计、工艺与设备、制造与使用等紧密结合的综合性、成套性开发生产经营实体。对科研机构的各种横向联合，主管部门和有关方面应积极支持，不得阻挠。
六、在深化全民所有制科研机构改革的同时，积极支持和促进集体、个体等不同所有制形式科技机构的发展。要充分发挥民办科技机构自筹资金，自主经营，自负盈亏，以市场为导向，以技术为依托，技工贸、技农贸一体化运行机制等方面的优势，逐步形成国家、集体、个人一起兴办科技事业的新局面。
七、各级政府部门要充分发挥现有科技人员的作用。鼓励有计划地组织科技人员或支持科技人员以调离、辞职、停薪留职、兼职等方式，创办、领办或承包、租赁中小企业和乡镇企业，或到农村进行有偿服务和技术经济承包。各地政府可以按法律程序，选派既懂经济又具有经营管理能力的科技人员到基层政府挂职或兼职。各有关方面要保证他们的合法收入和待遇，并切实采取措施解决他们的后顾之忧。
八、各地区要因地制宜地制订政策，促进人才合理流动。“老少边穷”地区和艰苦行业，可以制定特殊优惠政策吸引人才。沿海地区要充分利用开放优势，积极吸引国内外智力。各地还可以使用一定限额的专业技术职务流动专项指标，促进科技人员向经济发展急需的方向流动。
有条件的城市，要积极探索科技人员管理制度的综合性改革，在社会保障等方面积极创造条件，逐步实行用人单位有权聘用和辞退科技人员，科技人员有权应聘和辞职的双向选择用人就业制度。
九、要充分重视从工人、农民及其他劳动者中培养选拔科技人才和各类专业技术人才，并充分发挥他们的作用。要有步骤地实行工人技师职务制度。在乡镇企业中也应逐步建立技术职务聘任制度。要切实加强对群众性技术革新、技术发明活动中各项成果的评价和推广应用工作，对成就突出者应大力表彰和奖励。
在鼓励各类人才为振兴经济献技献策的活动中，要发展技术市场和劳务市场，为他们的竞争创造机遇。要注重培养造就大批企事业家，各有关方面要关心他们的成长，对他们的经营活动要加强指导，正确对待他们在改革中所出现的问题，使他们有取得经验和锻炼成长的机会。
十、企业经营机制改革必须有利于企业依靠技术进步。要把技术改造、产品更新、提高产品质量、降低消耗等技术进步指标纳入企业承包经营责任制、厂长(经理)任期目标责任制和企业上等级的考核指标体系。企业经营者、生产者的利益要与企业技术进步程度直接挂钩。
企业特别是大中型企业和企业集团，应在改革中建立健全技术开发和技术管理体系，通过各种联合，加强技术开发和吸收能力。企业技术开发工作可以实行单项承包，或开发、试制、投产、销售一条龙承包。在厂长负责制条件下，可对厂办科研机构实行所长负责制，允许独立核算，鼓励承包。厂办科研机构和企业科技人员要以本企业的技术进步为中心任务，在完成本企业任务的前提下，可以有组织地面向社会承接各种技术开发和技术服务任务。其技术性收入的税收办法应进一步放宽。
企业要采取有力措施调动科技人员的积极性，充分发挥他们在促进技术进步中的骨干作用。部分企业存在的科技人员在奖励、福利等方面待遇较低的状况，应通过放宽搞活管理，实行承包经营责任制，鼓励多作贡献的途径尽快加以改变。
十一、改革现有农业技术推广服务机构的运行机制，大力发展多种所有制形式和多层次的科技推广、经营服务实体，逐步形成适应农村商品经济发展的技术推广服务网络。
基层技术推广服务机构，应根据当地产前、产中、产后生产的需要，发展成独立的技术经济实体，通过有偿技术服务、技术经济承包和经营与技术服务有关的农用生产资料等业务，改变单纯依赖政府拨款的状况，逐步形成自我发展能力，以更有效地从事农业科技的试验、示范、培训、推广等。
大力支持农村各种专业合作组织、技术协会、研究会，以及村办、联户办、户办等多种形式的民间科技推广服务组织。鼓励农民通过集资、入股等方式，兴办各种所有制的农业技术服务组织或技术经济实体。
要充分利用现有办学条件，积极培养农村本地人才，对具有高、初中文化水平的农村青年，要使他们尽快掌握一、二门实用的生产技能和管理知识。
科研机构、高等院校、企事业单位应积极面向农村，创办、联办各种技术经济实体，发展以科技为支柱的农村商品经济。
十二、发展科学技术是关系到我国现代化进程和民族兴衰的大事。各级人民政府要十分重视科技工作，必须以高于财政经常性收入增长的速度增加对科技的投入。要积极组织计划、经济、科技、财政、金融、税收、工商、人事等有关部门，研究和制定支持政策，充分运用税收、信贷等经济杠杆，促进科技与经济的紧密结合，为科技事业的发展创造良好的社会环境。
各级科技主管部门要管好、用好科技经费。对现行科技三项费用、科研基本建设投资、科研事业费等各种科技经费的管理，必须引入竞争机制，采用建立基金、匹配投资、贴息贷款等拨款方式，运用招标、合同、承包等办法，提高科技投资效益，以保证科技和经济发展目标的实现。
十三、国务院各有关部门和各地区可根据本决定精神，从实际情况出发制订实施细则。关于企业科技体制改革的某些特殊问题，科技主管部门可会同有关部门另行研究制定解决办法。
十四、过去有关规定与本决定有不一致的，以本决定为准。本决定由国家科学技术委员会负责解释。